Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

Estudio de caso sobre el descubrimiento de un nuevo virus de la leprosis citoplasmática de tipo 2 de los cítricos utilizando pequeñas bibliotecas de ARN mediante secuenciación de próxima generación y análisis bioinformáticos

Avijit Roy, Jonathan Shao, John S Hartung, William Schneider y R.H. Brlansky

La aparición de una tecnología de secuenciación innovadora, conocida como secuenciación de “próxima generación” (NGS), proporciona un nuevo enfoque para identificar los patógenos virales “desconocidos conocidos” y “desconocidos desconocidos” sin conocimiento a priori. Los genomas de los virus de plantas se pueden determinar rápidamente incluso cuando se presentan en títulos extremadamente bajos en el huésped infectado. El método se basa en la secuenciación masiva en paralelo de la población de pequeñas moléculas de ARN de 18 a 35 nucleótidos de longitud producidas por la defensa del huésped que silencia el ARN. Las mejoras en la química, las herramientas bioinformáticas y los avances en ingeniería han reducido los costos de la NGS, han aumentado su accesibilidad y han permitido su aplicación en el campo de la virología vegetal. En esta revisión, analizamos la utilización de la plataforma Illumina GA IIX combinada con la aplicación de herramientas de biología molecular y bioinformática para el descubrimiento de un nuevo virus de la leprosis citoplasmática de los cítricos (CiLV). Este nuevo virus produjo síntomas típicos del CiLV, pero no se detectó ni con ensayos serológicos ni basados ​​en PCR para el virus descrito anteriormente. El nuevo genoma viral también se encontró en títulos bajos en la naranja dulce (Citrus sinensis), un importante cultivo hortícola con recursos genómicos incompletos. Esta es una situación común en la investigación hortícola y proporciona un ejemplo de la utilidad más amplia de este enfoque. Además del descubrimiento de nuevos virus, los datos de secuencia pueden ser útiles para los estudios de la evolución y ecología virales y las interacciones entre los transcriptomas virales y del hospedador.