Revista de tecnología microbiana y bioquímica

Abstracto

Perfil de expresión genética de la sangre periférica en el cáncer colorrectal

Chi-Shuan Huang, Harn-Jing Terng, Yu-Chin Chou, Sui-Lung Su, Yu-Tien Chang, Chin-Yu Chen, Woan-Jen Lee, Chung-Tay Yao, Hsiu-Ling Chou, Chia-Yi Lee, Chien-An Sun, Ching-Huang Lai, Lu Pai, Chi-Wen Chang, Kang-Hwa Chen, Thomas Wetter, Yun-Wen Shih y Chi-Ming Chu

Antecedentes: Se evaluaron los marcadores moleculares óptimos para detectar el cáncer colorrectal (CCR) en un ensayo basado en sangre. La tecnología de microarrays ha demostrado un gran potencial en la investigación del cáncer colorrectal. Los genes significativamente asociados con el cáncer en estudios de microarrays, fueron seleccionados como genes candidatos en el estudio. La agrupación de conjuntos de datos de microarrays públicos de Internet puede superar la limitación del pequeño número de muestras en estudios previos. Objetivo: El uso de conjuntos de datos de microarrays públicos verifica los perfiles de expresión génica para el cáncer colorrectal. Métodos: Se realizó un análisis de regresión logística y se determinaron los odds ratios para cada gen entre el CCR y los controles. Los conjuntos de datos públicos de microarrays de GSE 4107, 4183, 8671, 9348, 10961, 13067, 13294, 13471, 14333, 15960, 17538 y 18105 incluyeron 519 casos de adenocarcinoma y 88 controles de mucosa normal, que se usaron para verificar los genes candidatos a partir de modelos logísticos y estimar su generalidad externa. Resultados: Se seleccionó por pares un modelo de 7 genes de CPEB4, EIF2S3, MGC20553, MAS4A1, ANXA3, TNFAIP6 e IL2RB que mostró los mejores resultados en el análisis de regresión logística (HL p = 1,000, R2 = 0,951, AUC = 0,999, precisión = 0,968, especificidad = 0,966 y sensibilidad = 0,994). Conclusiones: Un nuevo perfil de expresión genética se asoció con el CCR y potencialmente puede aplicarse a ensayos de detección basados ​​en sangre.