Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

Análisis de palíndromos y frecuencias de tractos n-arios encontrados en una secuencia genómica

Y Ophir

La motivación para investigar los tractos n-narios y palíndromos surgió tras el descubrimiento por parte de Chargaff y colaboradores de la sobrerrepresentación de ciertos tractos binarios de ADN en los genomas. Investigaron las frecuencias de varios tractos ternarios en diversas ubicaciones en genes de varias especies. La investigación actual examina más a fondo los tractos ternarios y los palíndromos se denominarán en adelante tractos designados. ¿Un tracto designado tiene frecuencias extraordinarias de longitud y ubicación? Se ha realizado un análisis matemático teórico para analizar la cantidad de tractos designados según las frecuencias de sus elementos individuales. Los tractos designados se clasifican según aquellos que tienen elementos mixtos de un subconjunto de un conjunto que compone la secuencia y según los cuales consisten en un tracto largo de orden n-nario inferior. Por ejemplo, el análisis de tractos investiga si los fenómenos especiales se deben al tracto ternario o a un tracto binario largo que está incluido en él. El orden máximo de tracto n-nario de interés en el genoma es de tres (ternario); cuatro es el gen completo en sí. Sin embargo, el orden superior de los tractos n-narios es de interés en otras áreas como la “teoría de la confiabilidad”. Por lo tanto, aquí se presenta la formulación y el tratamiento generales de los tractos designados y se demuestra para los aspectos genómicos, que se investigaron a fondo en las últimas dos décadas.