Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

Análisis computacional de árboles filogenéticos basados ​​en caracteres y distancias para las proteínas de la cápside del virus del herpes humano

Vipan Kumar Sohpal, Apurba Dey y Amarpal Singh

La filogenética molecular es un aspecto fundamental del análisis evolutivo y depende de métodos basados ​​en la distancia y el carácter. En este artículo, comparamos las proteínas de la cápside viral de HHV para analizar la relación entre las proteínas utilizando modelos de sustitución, modelo filogenético con búsqueda exhaustiva y técnicas ME. También analizamos el efecto de la corrección de Poisson con el parámetro de forma en los árboles NJ y UPGMA. Demostramos mediante una simulación informática exhaustiva que el árbol filogenético es el reflejo de la distancia de sustitución. También analizamos el efecto del método de ramificación y límite máximo-mínimo y el modelo heurístico minimini y la verosimilitud logarítmica asociada con el árbol basado en caracteres. Aplicamos ML y MP para un análisis perfecto de la relación de las proteínas. Concluimos que los modelos de sustitución, el parámetro de forma, el nivel de búsqueda y SBL tienen un papel fundamental para reconstruir el árbol filogenético. El estudio del reloj molecular muestra que el valor de χ2 es mayor en proteínas relacionadas de forma cercana que en las distantes.