Nasstasja Wassilew, Doris Hillemann, Florian P. Maurer, Thomas A. Kohl, Matthias Merker, Folke Brinkmann, Marc Lipman y Katharina Kranzer
Introducción: Se ha desarrollado una nueva línea de análisis de sondas, GenoType® NTM DR, para la identificación de subespecies y la detección de resistencia a macrólidos y aminoglucósidos en aislamientos clínicos de Mycobacterium abscessus. Estudiamos el rendimiento de la prueba en comparación con la secuenciación de ADN y las pruebas de sensibilidad fenotípica a fármacos (pDST).
Métodos: Se identificaron 48 aislamientos clínicos de M. abscessus recolectados entre 2015 y 2016 hasta el nivel de subespecie y se analizaron para el genotipo erm (41), mutaciones de los genes rrl y rrs mediante secuenciación de Sanger. Se realizó una microdilución en caldo para pDST de claritromicina y amikacina. Los resultados se compararon con los del ensayo GenoType® NTM DR. Los resultados discordantes se analizaron más a fondo mediante pDST repetido y secuenciación del genoma completo (WGS).
Resultados: Se identificaron 35 aislamientos como M. abscessus subsp. abscessus, 6 como M. abscessus subsp. bolletii y 7 como M. abscessus subsp. massiliense con base en secuencias rpoB. La concordancia de los resultados de GenoType® NTM DR con la secuenciación de Sanger fue del 92% para la identificación de subespecies y del 100% para los genotipos erm (41), rrl y rrs, respectivamente. Los resultados de GenoType® NTM DR y pDST coincidieron en un 98% para la resistencia a claritromicina y en un 96% para la resistencia a amikacina cuando se tomaron en cuenta los resultados repetidos de pDST.
Conclusión: El nuevo ensayo GenoType® NTM DR es una prueba valiosa para la identificación de subespecies de aislamientos de M. abscessus y la detección de mutaciones definidas que confieren resistencia a la amikacina y la claritromicina. Las discrepancias entre el ensayo de sonda lineal y el pDST se relacionan principalmente con variaciones en los resultados de las pruebas fenotípicas.