Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

Minería del genoma del arroz ( Oryza sativa subsp. indica ) para la detección y caracterización de secuencias palindrómicas largas

Elmira Katanchi Kheiavi, Asadollah Ahmadikhah y Ali Mohammadian Mosammam

Debido a que el genoma del arroz ha sido secuenciado en su totalidad, la búsqueda para encontrar características específicas a escala del genoma es de gran importancia para estudiar la evolución del genoma y las aplicaciones posteriores. Las secuencias palindrómicas son motivos de ADN importantes involucrados en la regulación de diferentes procesos celulares y son una fuente potencial de inestabilidad genética. Se aplicó un enfoque de minería de genoma para detectar y caracterizar las secuencias palindrómicas largas en el genoma del arroz. Todos los palíndromos, definidos como repeticiones invertidas idénticas con ADN espaciador, pudieron analizarse y clasificarse según su frecuencia, tamaño, contenido de GC, índice compacto, etc. Los resultados mostraron que la frecuencia general de palíndromos es alta en el genoma del arroz (casi 51000 palíndromos), que cubren totalmente el 41,4% del genoma nuclear del arroz, con el mayor y el menor número de palíndromos, respectivamente, pertenecientes al cromosoma 1 y 12. El número de palíndromos bien podría explicar la expansión cromosómica del arroz (R2>92%). El contenido promedio de GC de las secuencias palindrómicas es del 42,1%, lo que indica riqueza de AT y, por lo tanto, la baja complejidad de las secuencias palindrómicas. Los resultados también mostraron diferentes índices compactos de palíndromos en diferentes cromosomas (43,2 por cM en el cromosoma 8 y 34,5 por cM en el cromosoma 3, como el más alto y el más bajo, respectivamente). El análisis de co-ubicación mostró que más del 20% de los genes del arroz se superponían con regiones palindrómicas, concentrándose principalmente en los brazos cromosómicos. Con base en los resultados de esta investigación, se puede concluir que el genoma del arroz es rico en secuencias palindrómicas largas que desencadenaron la mayor parte de la variación durante la evolución. En general, ambas secciones de secuencias palindrómicas, incluidos los tallos y los bucles, son ricas en AT, lo que indica que estas regiones se ubican en los segmentos de baja complejidad de los cromosomas del arroz.