Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

El análisis de todo el genoma de las respuestas inflamatorias y antiinflamatorias agudas en células RAW264 sugiere elementos cis asociados con la regulación de la traducción

Hiroaki Sako y Katsuhiko Suzuki

La regulación traduccional desempeña un papel fundamental en la mediación de las respuestas inflamatorias. Los glucocorticoides, representados en este estudio por la dexametasona (DEX), son agentes antiinflamatorios ampliamente reconocidos que ejercen efectos inhibidores significativos en la traducción de diversos grupos de genes, incluidos los genes inflamatorios. Sin embargo, su regulación es muy compleja y diversa, e involucra la regulación transcripcional y traduccional. Aunque la regulación transcripcional se ha investigado mediante análisis del transcriptoma de todo el genoma, la regulación traduccional se ha estudiado solo en unos pocos genes diana específicos (por ejemplo, el factor de necrosis tumoral) y el impacto global de los glucocorticoides en los niveles de traducción apenas se ha estudiado, principalmente debido a su dificultad técnica. En este trabajo, mediante el uso de perfiles de ribosomas junto con la secuenciación de ARNm de alto rendimiento (mRNA-Seq) en la que se pueden capturar huellas de ribosomas traductores, realizamos un análisis transcripcional y traduccional de todo el genoma de las respuestas inflamatorias o antiinflamatorias agudas de células RAW264 estimuladas por lipopolisacárido (LPS) o LPS acoplado a DEX (LPS + DEX). Demostramos que la mayoría de la regulación diferencial entre LPS solo y LPS + DEX se debió principalmente a los niveles de traducción en lugar de a los niveles de transcripción. Un análisis adicional de los grupos de genes regulados positiva o negativamente reveló supuestos elementos reguladores cis enriquecidos exclusivamente en el 3'-UTR de genes regulados positiva o negativamente inducidos por LPS + DEX. Los resultados implican una alternativa a los mecanismos actualmente reconocidos de regulación traduccional inducida por glucocorticoides en la respuesta inflamatoria aguda de las células RAW264.