Revista de carcinogénesis y mutagénesis

Abstracto

La identificación de los sitios de unión de IRF1 en todo el genoma revela una amplia ocupación de genes asociados a la muerte celular

Alessandro Rettino y Nicole M Clarke

IRF1 es un factor de transcripción que participa en la señalización del interferón y se ha demostrado que alberga una actividad supresora de tumores. Con el fin de identificar de forma exhaustiva las vías reguladas por IRF1, utilizamos la inmunoprecipitación de cromatina seguida de una secuenciación masiva paralela (ChIP-seq) para evaluar los genes diana de IRF1 en todo el genoma. Identificamos 17.416 eventos de unión totales en células de cáncer de mama. La categorización funcional de los sitios de unión después del tratamiento con IFNgamma (interferón-gamma) determinó que la "apoptosis" o "muerte celular" es el proceso diana más enriquecido. El análisis de descubrimiento de motivos de las regiones cromosómicas unidas por IRF1 identificó una serie de motivos únicos correlacionados con la apoptosis, el daño del ADN y los procesos inmunitarios. El análisis de los datos del transcriptoma GEO de células transducidas con IRF1 o fibroblastos tratados con IFN-gamma indica que los objetivos unidos a IRF1 en las células tratadas con IFN están asociados con una respuesta transcripcional positiva. Muchos de los genes diana enriquecidos a partir del análisis de expresión están asociados con la apoptosis. Es importante destacar que estos datos indican que una función significativa de IRF1 es la regulación de las vías apoptóticas contra el cáncer y esto refuerza el papel de IRF1 como supresor tumoral.