Bioquímica y Bioquímica Analítica

Abstracto

Análisis relativo del sesgo de uso de codones y del patrón de contexto de codones en todo el genoma de las bacterias Salinibacter Ruber, Chromohalobacter Salexigens y Rhizobium Etli

Mohammad Samir Farooqi, DC Mishra, Niyati Rai, DP Singh, Anil Rai, KK Chaturvedi, Ratna Prabha y Manjeet Kaur

El codón es la unidad básica para la transmisión de mensajes biológicos durante la síntesis de proteínas en un organismo. El sesgo en el uso de codones es el uso preferencial entre codones sinónimos, en un organismo. Este uso preferencial de un codón sinónimo se encontró no solo entre especies, sino que también ocurre entre genes dentro del mismo genoma de una especie. Esta variación de los patrones de uso de codones está controlada por procesos naturales como la mutación, la deriva y la presión. En este estudio, hemos utilizado técnicas computacionales y estadísticas para encontrar el sesgo en el uso de codones y el patrón de contexto de codones de Salinibacter ruber (halófilo extremo), Chromohalobacter salexigens (halófilo moderado) y Rhizobium etli (no halófilo). Además de esto, también se estudió la variación compositiva en la frecuencia de aminoácidos traducidos, el número efectivo de codones y los codones óptimos. Un gráfico de ENc versus GC3s sugiere que tanto el sesgo de mutación como la selección traduccional contribuyen a estas diferencias de sesgo de codones. Sin embargo, el sesgo de mutación es la fuerza impulsora de los patrones de uso de codones sinónimos en bacterias halófilas (Salinibacter ruber y Chromohalobacter salexigens) y la selección traduccional parece afectar el patrón de uso de codones en bacterias no halófilas (Rhizobium etli). El análisis de correspondencia del uso relativo de codones sinónimos reveló diferentes grupos de genes que varían en número en las bacterias en estudio. Además, el patrón de contexto de codones también se observó variable en estas bacterias. Estos resultados indican claramente la variación en el patrón de uso de codones en estos genomas bacterianos.