Revista de investigación y terapia con células madre

Abstracto

Identificación y análisis de patrones de SNP implicados en el cáncer colorrectal

Praneti Patidar y Jyoti Bhojwani

El cáncer colorrectal (CCR) es la segunda causa de muerte relacionada con el cáncer a nivel mundial y representa un riesgo de por vida del 80 al 100 % para cada individuo. La genética y los mecanismos relevantes que subyacen a algunas vías de señalización clave como Wnt, TGF, p53, K-ras, etc. desempeñan un papel perjudicial en la regulación de la predisposición al CCR. Un alto porcentaje de tumores colorrectales (adenomas y carcinomas) muestran mutaciones activadoras en beta-catenina o axina, mientras que la pérdida de ciertos genes supresores de tumores (TSG), como APC, causa la iniciación de pólipos aleatorios en el colon. Todas estas moléculas son, incidentalmente, componentes críticos de una vía de señalización Wnt conservada evolutivamente, que es fundamental en varios puntos temporales en el desarrollo de esta enfermedad. Las diferencias en los perfiles de SNP entre los grupos de muestra en el panorama genómico se pueden reconocer mediante un uso inteligente y eficiente de técnicas de aprendizaje automático. Las estadísticas y los análisis de patrones de estos perfiles de SNP nos brindan una plataforma concreta y lógica sobre la cual se pueden evaluar significativamente las contribuciones relativas de cada SNP único, que van desde la causa hasta el efecto. Sin embargo, la relevancia biológica de estas variaciones de SNP con respecto a la predicción y predisposición al cáncer aún está por resolverse, a la espera de una mejor comprensión del impacto del diseño de control racional en los estudios de SNP. Nuestros resultados, que surgen de los análisis de SNP significativos informados aquí, demuestran la utilidad de las herramientas bioinformáticas relevantes y las técnicas de aprendizaje automático para discriminar poblaciones enfermas en función de datos de SNP realistas. En este estudio, nos hemos centrado principalmente en miembros críticos de la vía de señalización de Wnt, que desempeñan un papel importante en el desarrollo durante diferentes etapas del cáncer colorrectal, lo que representa una naturaleza clásica de "multigenes y múltiples pasos" del cáncer. Hemos identificado y relacionado variantes genéticas comunes para los miembros de "acción temprana" y "acción tardía" de esta vía, que son más frecuentes en pacientes con enfermedad de CCR, aprovechando el poder de las herramientas de biología del desarrollo. Además, se han desenterrado y analizado relaciones y correlaciones complejas ocultas en grandes conjuntos de datos, mediante la aplicación de diversas técnicas de minería de datos (bioinformática). El informe analiza el alcance de este enfoque combinatorio, mediante la identificación de algunos candidatos potenciales para la terapia, en la investigación traslacional y en intervenciones de medicina clínica.