Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

Identificación de marcadores genéticos específicos del huésped en secuencias intervinientes del 16S rDNA de 73 géneros de bacterias fecales

Zhenyu Shen, Ning Zhang, Azlin Mustapha, Mengshi Lin, Dong Xu, Daiyong Deng, Mary Reed y Guolu Zheng

Recientemente se propusieron las secuencias intermedias ribosomales (IVS) como marcadores genéticos para el rastreo de fuentes microbianas (MST). Este estudio investigó exhaustivamente las especificidades del hospedador de las IVS dentro del ADNr 16S de 73 géneros de bacterias fecales dominantes utilizando los enfoques de la bioinformática y la secuenciación de próxima generación (NGS). Se identificaron in silico trece tipos de IVS asociados con especies hospedadoras particulares; se encontraron dentro de bacterias de los géneros Anaerovibrio, Bacteroides, Faecalibacterium, Mitsuokella, Peptostreptococcus, Phascolarctobacterium y Subdoligranulum. Con base en las secuencias de ADN de los trece tipos de IVS, se desarrollaron ensayos de reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Las amplificaciones de PCR utilizando muestras de ADN fecal de especies hospedadoras objetivo y no objetivo demostraron que ocho de las 13 IVS estaban altamente asociadas con heces humanas, de pollo/pavo, de ganado vacuno/cerdo o de caballo/cerdo/humano. Basándose en los polimorfismos del IVS, se aplicó la NGS para buscar IVS asociados a un único hospedador entre aquellos vinculados a múltiples especies hospedadoras. En consecuencia, se encontró un nuevo tipo de IVS específico del ganado vacuno de carne y se confirmó mediante amplificación por PCR utilizando muestras fecales de ganado vacuno y no vacuno. Los resultados sugieren que algunos IVS pueden utilizarse como marcadores genéticos para la MST y que la NGS puede ser útil para identificar nuevos marcadores genéticos específicos del hospedador.