Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

Exploración de redes interactivas en el proceso Kdd: aportes al estudio de la variabilidad poblacional de un virus fiji del maíz

Mario Alejandro García, María de la Paz Giménez Pecci, Juan Bautista Cabral, Adrián Nieto Castillo e Irma Graciela Laguna

La variabilidad genética de individuos de una misma especie puede ser estudiada a través de redes que representan las distancias genéticas entre ellos. Se estudió el caso del virus Mal de Río Cuarto (MRCV), definiendo medidas de distancia entre perfiles genómicos de diferentes individuos y creando una red de haplotipos. Se analizaron las propiedades topológicas de la red y se examinó en dos dimensiones, formando ambientes espacio-temporales. El examen condujo a la observación de que, en los primeros años de cultivo evaluados, el número de haplotipos y la distancia entre ellos fue mayor que en los cultivos posteriores. Se calculó un indicador de variabilidad para cada ambiente y se comparó con su valor esperado, confirmando la observación realizada durante el examen y concluyendo que la variabilidad del virus disminuyó luego de una epidemia ocurrida durante el año agrícola 1996-97. Se presenta un análisis de la variabilidad del MRCV a través de redes de haplotipos. Se propone el uso de esta herramienta, poco común en los procesos de KDD, aportando un nuevo enfoque que contempla los conceptos de representación del conocimiento, modelado de datos estructurados, visualización, exploración y descubrimiento interactivo.
La principal contribución de este caso al proceso KDD es la propuesta de exploración interactiva de redes, que resultó intuitiva y de fácil aplicación para el análisis.