Revista de Bacteriología y Parasitología

Abstracto

Genómica comparativa microbiana: una descripción general de las herramientas y conocimientos sobre el género Corynebacterium

Amjad Ali, Siomar C Soares, Eudes Barbosa, Anderson R Santos, Debmalya Barh, Syeda M. Bakhtiar, Syed S. Hassan, David W Ussery, Artur Silva, Anderson Miyoshi y Vasco Azevedo

La secuenciación de nueva generación (NGS) ha hecho posible proporcionar secuencias genómicas completas de organismos patógenos y comercialmente significativos en un tiempo limitado y con un coste mínimo. La genómica comparativa computacional es necesaria, dado que secuenciamos miles de organismos cada día, pero nuestro conocimiento de seguimiento es todavía muy limitado. Sin embargo, la información genómica de un solo genoma es insuficiente para proporcionar información sobre el estilo de vida y una visión ampliada del acervo genético de una especie. Múltiples genomas podrían enriquecer nuestra comprensión de la relación y las variaciones de los organismos. En consecuencia, el análisis genómico comparativo sigue siendo una herramienta poderosa para identificar los genes ortólogos en las especies, la presencia y ausencia de genes específicos, las señales evolutivas y
las regiones candidatas asociadas con la patogenicidad. Además, las estrategias pangenómicas, junto con la genómica sustractiva, ayudan a destacar las relaciones inter e intraespecies, el núcleo conservado y el pangenoma para caracterizar los factores de virulencia, los objetivos farmacológicos y los candidatos a vacunas. En este artículo, presentamos una descripción general de los requisitos previos para la genómica comparativa microbiana: tecnologías de secuenciación, herramientas de alineación, procesos de anotación, bases de datos y recursos, herramientas de visualización y genómica comparativa, y estrategias. Por último, presentamos información basada en análisis genómicos y funcionales comparativos y hallazgos recientes en el género Corynebacterium.