Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

Comentario breve sobre: ​​Predicción de las preferencias de unión al ADN de los dominios C2H2-ZF mediante modelos estructurales: aplicación en CTCF humano

Alberto Meseguer, Rubén Molina-Fernández, Narcís Fernández-Fuentes, Oriol Fornes*, Baldo Oliva*

En el trabajo titulado “Sobre la predicción de las preferencias de unión al ADN de los dominios C2H2-ZF utilizando modelos estructurales: aplicación en CTCF humano” presentamos un nuevo método computacional para predecir las preferencias de unión al ADN de los dominios proteicos de dedo de zinc Cis2-His2 (C2H2-ZF) a partir de su secuencia o estructura de aminoácidos. El método utiliza las estructuras de los complejos proteína-ADN para calcular un conjunto de potenciales estadísticos basados ​​en el conocimiento. Dado el bajo número de complejos proteína-ADN con estructura conocida, complementamos el conjunto de estructuras con interacciones experimentales de levadura-uno-híbrido de más de 170000 dominios C2H2-ZF diseñados por secuencia. Hemos implementado un servidor para modelar la estructura de cualquier complejo proteína-ADN de esta familia y derivar su Matriz de Peso de Posición teórica basada en las mejores puntuaciones de interacciones calculadas con los potenciales estadísticos. El enfoque se valida y se aplica a la secuencia humana de CTCF.