Biología y Medicina

Abstracto

El impacto de los valores de los parámetros de secuencia en la precisión filogenética.

Bhakti Dwivedi, *Sudhindra R Gadagkar

Una filogenia inferida con precisión es importante para el estudio de la evolución. Los factores que afectan la precisión de un árbol inferido pueden rastrearse hasta varios pasos secuenciales que conducen a la inferencia de la filogenia. Aquí hemos examinado el impacto de algunas características de las secuencias de nucleótidos en alineaciones sobre la precisión filogenética (topológica) en lugar de cualquier fuente de error durante el proceso de alineamiento de secuencias o la elección del método de inferencia (como se hace habitualmente). Específicamente, hemos estudiado (utilizando simulación por computadora) las implicaciones de cambiar los valores de los siguientes cinco parámetros, individualmente y en combinación: longitud de secuencia (l), tasa de sustitución de nucleótidos (r), composición de bases de nucleótidos (? ), la relación de tasa de transición-transversión (?), y la heterogeneidad de la tasa de sustitución entre los sitios (?). Un resultado interesante e inesperado fue que ? tiene una fuerte relación positiva con la precisión filogenética, especialmente a altas tasas de sustitución. Este trabajo basado en simulación tiene implicaciones para los investigadores empíricos en el campo y debería permitirles elegir entre los múltiples genes normalmente disponibles hoy en día para una inferencia más precisa de la filogenia en estudio.