Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

Construcción de mapas de variantes para detectar propiedades simétricas de genomas en distribuciones 2D

Jeffrey Zheng, Weiqiong Zhang, Jin Luo3, Wei Zhou1 y Veronica Liesaputra

Los métodos de visualización han desempeñado un papel fundamental en el Proyecto Genoma Humano. Después de un mayor desarrollo en otros proyectos internacionales como ENCODE, se establecieron mayores cantidades de bases de datos del genoma y se desarrollaron mediciones masivas de expresión génica en todo el genoma. En la situación actual, es necesario cambiar los objetivos de la biología celular computacional de la recopilación de datos secuenciales a la realización de interpretaciones de alto nivel y la exploración de mecanismos eficientes de recuperación basados ​​en el contenido para los genomas. Los genomas de los mamíferos codifican miles de ARN no codificantes grandes (lncRNA), muchos de los cuales regulan la expresión génica, interactúan con complejos reguladores de la cromatina y se cree que desempeñan un papel en la localización de estos complejos en loci objetivo en todo el genoma. Utilizando herramientas de visualización de dimensiones superiores, sus complejas propiedades interactivas podrían organizarse como diferentes mapas visuales. En este artículo se propone sistemáticamente la construcción de mapas de variantes VMC como un esquema emergente para aplicar mapas múltiples que utilizan cuatro símbolos Meta al igual que las representaciones de ADN o ARN. Se describe la arquitectura del sistema de los componentes clave y el mecanismo central en el VMC. Se discuten los módulos clave, las ecuaciones relevantes y sus parámetros de E/S. Utilizando el sistema VMC, se prueban dos conjuntos de datos de ADN de múltiples secuencias reales para mostrar sus propiedades visibles en niveles más altos de relaciones intrínsecas entre secuencias de ADN relevantes en mapas 2D. Los resultados visuales se analizan brevemente para explorar sus propiedades intrínsecas y características simétricas en secuencias de genoma relevantes bajo mapas 2D de la Construcción de Mapas Variantes. Se incluye un conjunto de mapas 2D de muestra y sus características se ilustran bajo varios entornos controlables.