Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

Visualización de datos genómicos de alto rendimiento mediante R y Bioconductor

Ruchi Yadav y Prachi Srivastava

Los microarrays de ADN son una tecnología que tiene como objetivo medir los niveles de ARNm en células o tejidos particulares para muchos genes simultáneamente. Los microarrays en biología molecular dan como resultado enormes conjuntos de datos que necesitan un análisis computacional riguroso para extraer información biológica que conduzca a alguna conclusión. Desde la impresión del chip de microarray hasta el proceso de hibridación y escaneo, esto da como resultado una variabilidad en la calidad de los datos debido a que la información real se pierde o está sobrerrepresentada. El análisis computacional juega un papel importante relacionado con el procesamiento de la información biológica incorporada en los resultados de los microarrays y para comparar los resultados de la expresión génica obtenidos de diferentes muestras en diferentes condiciones para la interpretación biológica. Una tarea básica, pero desafiante, es el control de calidad y la visualización de los datos de expresión génica de los microarrays. Una de las plataformas más populares para el análisis de microarrays es Bioconductor, un proyecto de software de código abierto y desarrollo abierto para el análisis y la comprensión de datos genómicos, basado en el lenguaje de programación R. En este artículo se describen los procedimientos específicos para llevar a cabo la evaluación de calidad del chip genético Affymetrix utilizando datos de la base de datos GEO GSE53890 y se describen los paquetes de control de calidad del bioconductor con referencia a gráficos de visualización para un análisis detallado. Este artículo puede ser útil para cualquier investigador que trabaje en el análisis de microarrays para el análisis de control de calidad del chip Affymetrix junto con interpretaciones científicas.