Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

La secuenciación completa del exoma revela una combinación de variantes raras de penetración alta y baja que se correlacionan con el riesgo relativo de cáncer de mama familiar

Ben Rekaya Mariem, Hamdi Yosr, El Benna Houda, Mejri Nessrine, Jaidane Olfa, Ayari Jihene, Ben Nasr Sonia, Dallali Hamza, Messaoud Olfa, Meddeb Rym, Mighri Najah, Boujemaa Maroua, Boubaker Mohamed Samir, Haddaoui Abderazek, Mrad Ridha, Boussen Hamouda, Abdelhak Sonia, Labidi Soumaya1

Objetivo: Nuestro objetivo fue investigar e identificar simultáneamente todas las variantes patogénicas raras y comunes en casos de cáncer de mama (CM) no relacionados.

Métodos: Se han excluido todas las mutaciones frecuentes en los genes BRCA previamente identificadas en Túnez mediante secuenciación de Sanger en 42 mujeres afectadas con alto riesgo familiar que tenían al menos 3 familiares afectados de cáncer. Se seleccionaron dos casos no relacionados con dos antecedentes familiares diferentes para la secuenciación completa del exoma. Se confirmaron las variantes de alto riesgo seleccionadas y se realizó un análisis de segregación.

Resultados: Identificamos una variante patogénica de pérdida de función por cambio de marco en BRCA2, p.Val1283Lysfs, en tres casos y una variante patogénica rara en OGG1, p.Arg46Gln, que se cosegrega con una variante rara sin sentido en BRCA2, p.K3326X, en dos casos afectados de cáncer de mama. Estas variantes nunca se han descrito en Túnez o el norte de África.

Conclusión: Los antecedentes familiares y la edad temprana de inicio de la enfermedad en la paciente F1.1 se correlacionan con la presencia de una variante de alta penetración (p.Val1283Lysfs) en el gen BRCA2. Sin embargo, la edad tardía de inicio y el fenotipo menos severo en la paciente F2.2 son consecuencia de la presencia de una variante de baja penetración Lys3326X en BRCA2 que cosegrega con una variante patogénica p.Arg46Gln en el gen OGG1 solo en casos de cáncer de mama.