Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

Comparación de los compuestos proteicos y fenólicos en semillas de soja transgénica y no transgénica

Savithiry S Natarajan*, Farooq H Khan, Davanand L Luthria, Mark L Tucker, QijianSong, Wesley M Garrett

La proteína de soja es un componente valioso e importante en las dietas humanas y animales. Aproximadamente el 94% de la soja plantada en los EE. UU. está modificada genéticamente (GM) para mejorar la calidad y la productividad. Dado que se desarrollan continuamente características de valor agregado mediante modificación genética, es importante determinar si se producen cambios no deseados en las semillas de soja GM. En esta investigación, hemos seleccionado tres líneas transgénicas diferentes, denominadas evento 1, 2 y 3 con un solo inserto de ADN-T de Agrobacterium tumefaciens que incluía genes para un gen seleccionable de resistencia a herbicidas (bar) y un gen reportero de β-glucuronidasa (GUS) expresado utilizando un promotor doble 35S del virus del mosaico de la coliflor (CaMV) y un promotor de poligalacturonasa de soja (Glyma12g01480), respectivamente. Las líneas transgénicas y no transgénicas Se utilizaron isolinas progenitoras (control) para el análisis proteómico y de compuestos fenólicos. Proteínas de semillas Los puntos de proteína se separaron mediante electroforesis en gel de poliacrilamida bidimensional (2D-PAGE). De aproximadamente 1300 puntos de proteína detectados por extracto de proteína, se seleccionaron 30 puntos para un análisis posterior basado en diferencias determinadas por software (ANOVA) en su abundancia relativa en los geles de proteína para el control y tres eventos. El análisis estadístico posterior después de la corrección de Bonferroni indicó que la abundancia de solo dos de los treinta puntos de proteína fue significativamente diferente en el nivel de probabilidad del 1%. Dos puntos de proteína, una isoflavona reductasa y una proteína similar a la quinina oxidorreductasa, en el evento 2 fueron significativamente diferentes del control y los otros dos eventos transgénicos. Los treinta puntos de proteína se analizaron e identificaron mediante espectrometría de masas (MS) seguida de una búsqueda en las bases de datos del NCBI utilizando Mascot Además de las proteínas, se analizaron mediante LC-MS dos clases de compuestos fenólicos, isoflavonoides y ácidos fenólicos. Los resultados no indicaron diferencias sistemáticas en la cantidad o el perfil de ninguna de las clases de compuestos fenólicos en el control ni en los tres eventos transgénicos.