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Abstracto
Un retorno a los genomas microbianos en la era del metagenoma
Eric Altermann
La metagenómica se ha expandido significativamente en los ecosistemas microbianos, la diversidad filogenética y la complejidad genética. En el transcurso de sólo unos pocos años, la genómica microbiana ha experimentado un aumento espectacular desde el genoma de 1,8 pares de megabases (Mbp) del primer organismo de vida libre secuenciado (Haemophilus influenzae Rd en 1995 [1]) hasta los programas (meta)genómicos que ahora generan más de un par de terabases de datos de secuencia cada uno. Estos avances han sido posibles gracias a tecnologías de secuenciación cada vez más potentes. Los métodos de electroforesis fluorescente en gel en placa fueron reemplazados por sistemas basados en capilares, lo que trajo consigo un aumento significativo en el nivel de rendimiento y automatización. Un cambio radical se produjo con la introducción de la "secuenciación por síntesis". Esta tecnología se comercializó como "pirosecuenciación", en particular por 454 Life Sciences. Aunque inicialmente solo proporcionaba longitudes de lectura más cortas de 100 a 200 nucleótidos (nt), y tenía una calidad de llamada de base inferior y problemas con tramos homopoliméricos de nucleótidos, también supuso un salto en la capacidad de secuenciación (hasta 400 Mbp por ejecución) con respecto a las tecnologías de secuenciación capilar basadas en Sanger. Desde entonces, se han comercializado otras plataformas de secuenciación de próxima generación (como Illumina, SOLID, Ion Torrent), cada una de las cuales aumenta la cantidad de información de secuencia obtenida por ejecución (Illumina HiSeq2500 actualmente proporciona hasta 600 Gbp por ejecución). Si bien la secuenciación en tiempo real de una sola molécula (SMRT) todavía está en sus inicios, es probable que sea la "próxima gran novedad" y actualmente se están probando prototipos (principalmente de Pacific Biosciences).