Revista de carcinogénesis y mutagénesis

Abstracto

Caracterización de la actividad potenciadora patogénica con resolución de una sola célula para estudiar el mecanismo de los trastornos de malformación de las extremidades mediante un nuevo enfoque de aprendizaje profundo

Raghav Sriram

El potenciador de la secuencia reguladora de la zona de actividad polarizante (ZPA), una secuencia reguladora que se encuentra en numerosos organismos, desempeña un papel importante en el desarrollo temprano de las extremidades embrionarias. La ZRS controla la expresión del gen Sonic Hedgehog ( Shh ) y, por lo tanto, el desarrollo temprano de las extremidades en un organismo, ya que se ha demostrado que Shh controla el ancho de la yema de la extremidad al estimular la proliferación de células mesenquimales debido a su capacidad para regular la longitud anteroposterior de la cresta ectodérmica apical. Varios factores de transcripción, que actúan como represores o activadores del gen Shh , coordinan este proceso de desarrollo de las extremidades en tándem con el potenciador de la ZRS. Si bien la importancia de la actividad normal de la ZRS es evidente, este estudio profundiza en los efectos de los cambios patógenos en el potenciador de la ZRS y el desarrollo de trastornos asociados de las extremidades, como la polidactilia preaxial (PPD), centrándose en varios aspectos de la regulación de la ZRS y su relación con la expresión de Shh . Esto se logró mediante la caracterización de la expresión de Shh y mCherry , un gen de luminiscencia introducido regulado por ZRS, a través de células secuenciadas de ARN de una sola célula de un brote de extremidad en desarrollo de un embrión de ratón. Además, este estudio caracterizó factores de transcripción específicos como posibles represores o activadores de ZRS al determinar el enriquecimiento o agotamiento de TF en células Shh y mCherry altamente expresivas . La clasificación de dichos TF es vital para identificar los elementos reguladores que controlan la formación de trastornos de malformación de las extremidades como la polidactilia preaxial y ayudan en el desarrollo de futuras intervenciones terapéuticas.