Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

Enfoque computacional para identificar los péptidos antigénicos que se unen al complejo mayor de histocompatibilidad de la 'Ascariasis'

Mishra S y Gomase VS

El Ascaris lumbricoides causa 'ascariasis' en humanos y su eliminación es la principal preocupación pública. En esta investigación actual, predijimos los péptidos de unión al MHC (complejo mayor de histocompatibilidad) de clase I y II con un enfoque computacional como los algoritmos PSSM (matrices de puntuación de posición específica) y SVM (máquina de vectores de soporte). Predecimos que los aglutinantes peptídicos de la proteína del citocromo b (mitocondria) de la secuencia de Ascaris lumbricoide a las moléculas MHC-I son como 11mer_H2_Db, 10mer_H2_Db, 9mer_H2_Db, 8mer_H2_Db. También el estudio integra la predicción de la unión del péptido al MHC de clase I; la escisión de la terminal C proteasomal y la eficiencia del transporte de TAP mediante el uso de la secuencia y las propiedades de los aminoácidos. También encontramos la unión de péptidos a diferentes alelos mediante el uso de la matriz de puntuación de posición específica. Citocromo B de Ascaris lumbricoides (365 residuos de longitud) con 357 nonámeros que tienen péptidos de unión al MHC antigénicos. El servidor basado en PSSM predecirá que los péptidos de unión a la secuencia de las moléculas MHCII son I_Ab.p, I_Ad.p, I_Ag7, que se encuentran en la región de epítopos antigénicos del citocromo B de Ascaris lumbricoides. Esta investigación puede ser útil para el diseño racional de vacunas y, al mismo tiempo, aumentar la comprensión del papel del sistema inmunológico contra los antígenos.