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Abstracto
Identificación, caracterización y análisis computacional de miRNAs conservados y sus dianas en Amborella Trichopoda
Hajieghrari B, Farrokhi N, Goliaei B y Kavousi K
Los microARN (miARN) son ARN endógenos pequeños, monocatenarios y no codificantes de unos 22 nucleótidos, que participan directamente en la regulación de la expresión génica a nivel postranscripcional. Los miARN desempeñan papeles clave en el desarrollo y la respuesta a estreses bióticos y abióticos. Las búsquedas de homología permiten la identificación de nuevos miARN debido a su relativa alta conservación en especies vegetales. Aquí, se identificaron miARN para Amborella trichopoda. Los miARN vegetales conocidos y únicos de miRBase se buscaron mediante BLAST contra Expressed Sequence Tag (EST) y Genomic Survey Sequence (GSS) en A. trichopoda. Todas las secuencias candidatas con estructura de repliegue apropiada se examinaron mediante una serie de criterios de filtrado de miARN. Finalmente, identificamos y analizamos la conservación de 5 miARN conservados potenciales pertenecientes a 5 familias de genes de miARN de EST, así como 82 miARN recientemente identificados dependientes de 39 familias de miARN de GSS. Los posibles genes diana de los miRNA identificados se identificaron en función de sus complementariedades de secuencia con los respectivos miRNA utilizando psRNATarget contra la asignación de andamiajes de secuencias del genoma de A. trichopoda. En total, se identificaron 1219 sitios diana en el genoma de A. trichopoda. De los cuales, se predijo que 941 (77,19 %) serían objeto de escisión de miRNA y 278 (22,81 %) andamiajes se regularían mediante la represión traduccional del ARNm. De los miRNA previstos, 18 no tenían secuencia diana en A. trichopoda.