Revista de tecnología microbiana y bioquímica

Abstracto

Desarrollo y evaluación de un servicio comercial de tipificación de cepas basado en secuencias para Listeria monocytogenes

Tom Edlind y Yanhong Liu

Listeria monocytogenes es un importante patógeno transmitido por los alimentos y, por lo tanto, un contaminante persistente en muchas instalaciones de procesamiento de alimentos. La tipificación de cepas es fundamental para detectar e investigar brotes y se puede utilizar para rastrear fuentes de contaminación. Los sistemas de tipificación que se utilizan actualmente tienen limitaciones que van desde la baja resolución y portabilidad de datos hasta el alto costo y la complejidad técnica. El objetivo de este estudio fue desarrollar una opción de subcontratación para la tipificación de cepas de L. monocytogenes que aborde estas limitaciones. La base de datos NCBI Genomes que representa 109 cepas se examinó para detectar loci que contienen repeticiones en tándem altamente informativos. Los más prometedores, denominados LmMT1 (0,8-1 kbp) y LmMT2 (0,7-0,8 kbp), exhibieron patrones complejos de polimorfismo (inserciones/deleciones y polimorfismos de un solo nucleótido), índices de diversidad de 0,99 (LmMT1) y 0,98 (LmMT2), y estaban presentes en todas las L. monocytogenes y de una (LmMT1) a cuatro (LmMT2) especies adicionales de Listeria representadas en las bases de datos del NCBI. Utilizando un conjunto distinto de cepas, Miya et al. (J. Microbiol. Methods, 2012, 90:285-291) informaron previamente índices de diversidad de 0,95 y 0,91 para regiones más limitadas (0,3-0,5 kbp) de estos mismos dos loci. El análisis filogenético de las secuencias de LmMT1 y LmMT2 reveló grupos distintos correspondientes al serotipo (complejos 4b, 1/2a y 4a) y al linaje evolutivo (I, II y III/IV). Las comparaciones con PFGE, el método de referencia actual, sugieren que la tipificación de LmMT1 es comparativamente discriminatoria. Es importante destacar que las cepas de cuatro brotes formaron grupos correspondientes, aunque las de un brote de 2002 se resolvieron en aislamientos ambientales y alimentarios/humanos relacionados, lo que desafía su conexión epidemiológica. En el laboratorio, la tipificación de LmMT1 y LmMT2 demostró ser sólida, generando una secuencia de alta calidad a partir de colonias presentadas como suspensiones inactivadas por calor no peligrosas. El análisis de las secuencias de LmMT1 de 62 cepas diversas demostró una concordancia general con la tipificación basada en polimorfismos de un solo nucleótido.