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Abstracto
Desarrollo de protocolos cuantitativos de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real para la detección y diferenciación rápida de Xylella fastidiosa subsp. fastidiosa y Xylella fastidiosa subsp. multiplex
Brittany Pierce, Lisa Morano y Blake Bextine
Xylella fastidiosa es una bacteria fitopatógena, gramnegativa y limitada por el xilema, que se transmite entre hospedadores por la chicharrita de alas vidriosas ( Homalodisca vitripennis ). Existen múltiples subespecies de X. fastidiosa, que exhiben cierto grado de especificidad por hospedador. X. fastidiosa subsp. fastidiosa es el agente causal de la enfermedad de Pierce de la vid. X. fastidiosa subsp. multiplex y X. fastidiosa subsp. sandyi se encuentran comúnmente en América del Norte, pero no causan la enfermedad de Pierce. El diagnóstico rápido para determinar la presencia de X. fastidiosa y la diferenciación de estas subespecies es necesario para el manejo y la prevención efectivos de la enfermedad de Pierce. En este estudio, se compararon tres métodos para distinguir las subespecies de X. fastidiosa mediante la reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real. Se evaluó la consistencia y calidad del análisis de curvas de fusión con SYBR ® green, Eva Green ® y Takara SYBR Green ® de amplicones parciales de girasa B, amplicones del gen zot1 y cinco amplicones tonB. Se desarrollaron protocolos de diagnóstico basados en sondas de hibridación TaqMan ® y Molecular Beacon ® con énfasis en una inserción multiplex de X. fastidiosa subsp. en el gen zot1. Descubrimos que los protocolos de diagnóstico basados en SYBR ® Green y TaqMan ® no proporcionaban la resolución necesaria para una diferenciación precisa y consistente de las subespecies de X. fastidiosa. Los protocolos de diagnóstico que desarrollamos utilizando la sonda Molecular Beacon ® permiten una diferenciación altamente específica y confiable de las subespecies de X. fastidiosa, incluso en casos en los que las subespecies se mezclaron en solución. Estos nuevos métodos proporcionan un protocolo más confiable mediante el cual las subespecies de X. fastidiosa se pueden identificar rápidamente para fines de estudio de laboratorio y diagnóstico de muestras.