Bioquímica y Bioquímica Analítica

Abstracto

Simulationen der Akoplasie und der molekularen Dinámica der MurB-Reduktion von Legionella pneumophila für die Entwicklung eines möglichen Inhibitors

Vani Priyadarshini, Dibyabhaba Pradhan, Manne Munikumar, Amineni Umamaheswari, D Rajasekhar und PVLN Srinivasa Rao

Legionella pneumophila ist der Erreger der Legionärskrankheit, der Neumonie und der Endokarditis und kann potenziell tödlich sein. Die MurB-Reduktase ist ein wichtiges Enzym für die peptidische Biosynthese, ein Zellbestandteil und wird als Ziel einer landwirtschaftlichen Untersuchung im Zusammenhang mit bakteriellen Krankheitserregern identifiziert, die eine infektiöse Endokarditis, einschließlich Legionella pneumophila, verursachen. Die MurB-Reduktion mit FAD wirkt wie ein Cofaktor und katalysiert die Reduktion von NADPH von UDP-N-Acetilenolpiruvilglucosamin (UDP-GlcNAcEP) und der UDP-N-Acetilmuramidsäure. Im vorliegenden Studio wurden 360 FAD-ähnliche Strukturen zur Reduzierung von Legionella pneumophila MurB mithilfe des Glide v5.7-Protokolls erstellt, das im Flujo der virtuellen Detektionsumgebung von Maestro v9.2 implementiert wurde. Während die Siebleiter eine mittlere Analyse der Akzeptierung erhielten, stellte sich nur heraus, dass Lead1 (XPGscore -13,27 Kcal/mol) eine größere Affinität zur Vereinigung hatte, nachdem die MurB-Reduktion im Vergleich mit dem Cofaktor FAD (XPGscore -13,25 Kcal/mol) vorgenommen wurde ). Die Interaktionen auf der molekularen Ebene des MurB Reductasa-Lead1-Asoziationskomplexes bieten einen guten Vergleich mit dem MurB Reductasa-FAD-Komplex. Außerdem werden molekulare Simulationen von Dinámica für die MurB-Akzeptanz-Komplementierung realisiert, indem Desmond v3.0 verwendet wird, um die natürliche Dinamica-Akzeptanz-Komplementlösung in verschiedenen Zeitstufen zu bearbeiten. Die molekularen Dinámica-Simulationen des Komplexes MurB reductasa-lead1 müssen die natürliche Wirkung der Interaktionen stabilisieren.