Bioquímica y Bioquímica Analítica

Abstracto

Simulaciones de acoplamiento y dinámica molecular de la MurB reductasa de Legionella pneumophila para el diseño de un posible inhibidor

Vani Priyadarshini, Dibyabhaba Pradhan, Manne Munikumar, Amineni Umamaheswari, D Rajasekhar y PVLN Srinivasa Rao

Legionella pneumophila es el organismo causante de la enfermedad del legionario, la neumonía y la endocarditis por prótesis valvular potencialmente mortal. La MurB reductasa, una de las enzimas importantes para la biosíntesis de peptidoglicano, un componente de la pared celular, se identificó como un objetivo farmacológico común contra los patógenos bacterianos que causan endocarditis infecciosa, incluida Legionella pneumophila. La MurB reductasa con FAD actúa como un cofactor y cataliza la reducción dependiente de NADPH de UDP-N-acetilenolpiruvilglucosamina (UDP-GlcNAcEP) a ácido UDP-N-acetilmurámico. En el presente estudio, se acoplaron 360 estructuras similares de FAD a la MurB reductasa de Legionella pneumophila utilizando el protocolo secuencial de Glide v5.7 implementado en el flujo de trabajo de detección virtual de Maestro v9.2. Entre los siete leads obtenidos mediante análisis de acoplamiento, solo se observó que lead1 (XPGscore -13,27 Kcal/mol) tenía una mejor afinidad de unión hacia la MurB reductasa en comparación con el cofactor FAD (XPGscore -13,25 Kcal/mol ). Las interacciones a nivel molecular del complejo de asociación MurB reductasa-lead1 mostraron una buena comparación con el complejo MurB reductasa-FAD. Además, se realizaron simulaciones de dinámica molecular para el complejo de acoplamiento MurB reductasa-lead1 utilizando Desmond v3.0 para arrojar luz sobre la dinámica natural del complejo de acoplamiento en solución en diferentes escalas de tiempo. Las simulaciones de dinámica molecular del complejo MurB reductasa-lead1 muestran la naturaleza estable de las interacciones de interacción.