Tecnología genética

Abstracto

La PCR digital por gotitas proporciona un método rápido, preciso y rentable para la identificación de genotipos del biomarcador FcγRIIIa-F158V

Paul Griffith, David Sun, Sarah R Tritsch, Caroline Jochems, James L Gulley, Jeffrey Schlom y Xiaolin Wu

El desarrollo de nuevos anticuerpos monoclonales, vacunas y terapias con virus oncolíticos se ha basado en el análisis de biomarcadores como posibles predictores de éxito. Un biomarcador bien estudiado es el residuo 158 F/V del receptor CD16/FcγRIIIa. La identificación de variantes a través de la genotipificación del locus FcγRIIIa es una práctica generalizada y muy variada, con métodos de uso común que incluyen: secuenciación de Sanger, citometría de flujo, PCR/RFLP, Goldengate (reemplazado por Infinium) y análisis TaqMAN. Si bien cada uno de estos métodos tiene un respaldo considerable en publicaciones relacionadas con CD16 FcγRIIIa 158 F/V, la mayoría presenta deficiencias significativas en la identificación tanto de homocigotos (de tipo salvaje y mutantes) como de heterocigotos de una manera eficiente en términos de tiempo y costo. La utilización de PCR digital en gotas con sondas específicas de FcγRIIIa-F158V permite una genotipificación precisa mediante el reconocimiento directo de la secuencia en muestras genómicas a un coste medio menor y con una respuesta más rápida. En este trabajo, demostramos el uso de ddPCR para identificar con precisión los genotipos de FcγRIIIa-F158V con confirmación mediante secuenciación de Illumina en 128 muestras de pacientes.