Bioenergética: acceso abierto

Abstracto

Dinámica molecular de conjunto de un complejo proteína-ligando: la entropía residual del inhibidor mejora la potencia del fármaco en la butirilcolinesterasa

Eric J Sorin, Walter Alvarado, Samantha Cao, Amethyst Radcliffe, Phuc La y Yi An

La butirilcolinesterasa es una enzima clave que cataliza la hidrólisis del neurotransmisor acetilcolina y muestra una mayor actividad en pacientes que padecen la enfermedad de Alzheimer (EA), lo que convierte a esta enzima en un objetivo principal en el tratamiento de la EA. En este problema, y ​​en escenarios similares que involucran el reconocimiento biomolecular, es central nuestro entendimiento de la naturaleza del complejo proteína-ligando. La enzima butirilcolinesterasa se estudió mediante simulaciones de dinámica molecular de conjunto, con solvente explícito, de todos los átomos sin inhibidor y en presencia de tres inhibidores de dialquil fenil fosfato de potencia conocida hasta un muestreo acumulativo de más de 40 μs. Luego de la relajación de estos conjuntos hasta equilibrios conformacionales, se identificaron los modos de unión para cada inhibidor. Si bien los modelos clásicos, que suponen una reducción significativa en las entropías conformacionales tanto de la proteína como del ligando, continúan siendo los preferidos en los estudios contemporáneos, nuestras observaciones contradicen esas suposiciones: los ligandos unidos ocupan muchos estados conformacionales, estabilizando así el complejo, al mismo tiempo que promueven la flexibilidad de la proteína.