Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

Análisis del nivel de expresión génica y enriquecimiento del conjunto de genes del huésped

Yosuke Kondo y Satoru Miyazaki

El análisis de todo el genoma ha demostrado que existen ARN no codificantes de proteínas (ARNnc) que se localizan en regiones intrónicas de genes codificantes de proteínas. Los ARNnc intrónicos se alojan en intrones de genes codificantes de proteínas que se denominan genes hospedadores. Nuestro estudio anterior informó características genómicas de genes ARNnc intrónicos y genes hospedadores. Sin embargo, no se han investigado las características transcriptómicas de los genes hospedadores. Aquí informamos el análisis del nivel de expresión génica de los genes hospedadores e investigamos las funciones biológicas de los genes hospedadores. Nuestros resultados mostraron que los niveles de expresión génica de los genes hospedadores tienden a ser más altos que los de los genes no hospedadores. Los genes hospedadores ortólogos entre humanos y ratones tienen niveles de expresión más conservados que los genes no hospedadores ortólogos. Y los genes hospedadores con altos niveles de expresión involucran el sistema nervioso, la expresión génica, la modificación de proteínas y el citoesqueleto, mientras que en su mayoría no hubo funciones biológicas enriquecidas en los genes hospedadores con bajos niveles de expresión. Estos resultados sugieren que los genes hospedadores tienen cuantificación de transcripción y funciones biológicas características. Las características pueden ser útiles para un análisis más profundo de las formas reguladoras de la expresión génica del hospedador.