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Abstracto
Gene2Path: una herramienta de análisis de datos para estudiar las vías genéticas de los peces mediante la búsqueda automática de genes ortólogos
Natalia Ballesteros, Néstor Aguirre, Julio Coll, Sara I Pérez-Prieto y Sylvia Rodríguez Saint-Jean
La mayoría de los datos sobre vías de regulación genética obtenidos a partir de experimentos bioquímicos y moleculares proceden de seres humanos o de especies que se utilizan habitualmente como modelos animales experimentales. Por ello, los paquetes de software para analizar estos datos basándose en códigos de identificación (ID) o números de acceso (AN) específicos de genes no son fáciles de aplicar a otros organismos menos caracterizados a nivel genómico. En este trabajo hemos desarrollado el programa Gene2Path, que busca automáticamente en bases de datos de vías para analizar datos de microarrays de forma independiente y específica para cada especie. Hemos ilustrado el método con datos obtenidos de un microarray de trucha arcoíris dirigido al sistema inmunitario para buscar vías ortólogas definidas para otras especies biológicas bien conocidas, como el pez cebra, aunque el software se puede aplicar a cualquier otro caso o especie de interés. Los scripts y el programa están disponibles de forma gratuita en el sitio web “GENE2PATH” http://gene2path.no-ip.org/cgi-bin/gene2path/index.cgi. El paquete incluye una guía de usuario y ejemplos. El software Gene2Path permite la búsqueda automatizada en las bases de datos del NCBI y la visualización sencilla de los datos recuperados basándose en un entorno de red gráfica.