Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

Modelado de homología de secuencias de aminoácidos rbcL conservadas en la familia Leguminosae

Sagar S Patel, Megha B Vaidya y Dipti B Shah

Este estudio se centra en el modelado de homología de algunas especies de la familia Leguminosae que se encuentran en el estado de Gujarat, INDIA. Hay tres subfamilias de la familia Leguminosae que son Fabaceae (Papilionaceae), Caesalpiniaceae y Mimosaceae. Se llevó a cabo un alineamiento de secuencias múltiples de las secuencias de proteína rbcL de algunas especies en cada subfamilia y se consideraron aminoácidos conservados para el modelado de homología. Las proteínas relacionadas evolutivamente tienen secuencias similares y las proteínas homólogas naturales tienen una estructura proteica similar. Se ha demostrado que la estructura proteica tridimensional está evolutivamente más conservada de lo que se esperaría sobre la base de la conservación de la secuencia únicamente; encontramos que hay pocos aminoácidos que son comunes con los mismos pares de bases en cada subfamilia a pesar de que son de géneros diferentes. No hay estructura de proteína disponible de aminoácidos conservados en la base de datos PDB de nuestro estudio, por lo que hicimos un modelado de homología de tres secuencias de proteína rbcL (una de cada subfamilia) que se encuentran conservadas en la alineación de secuencias múltiples y la validación de la estructura con Ramachandran Plot se llevó a cabo y se utilizó el servidor CASTp para encontrar sitios activos en la estructura de proteína predicha y finalmente la función de cada proteína predicha informada después de este modelado de homología de algunas secuencias de aminoácidos rbcL conservadas en la familia Leguminosae.