Bioquímica y Bioquímica Analítica

Abstracto

Human.miRFFL.DB: un recurso seleccionado para redes correguladoras de miRNA humanos y circuitos reguladores asociados

Pankaj Khurana*, Rajeev Varshney, R Sugadev

La regulación génica se considera un proceso complejo en el que los elementos reguladores y sus dianas forman interacciones de red altamente complejas que afectan la fisiología biológica normal y también el inicio y el progreso de la enfermedad. Los factores de transcripción (TF) y los microARN (miARN) son reguladores transcripcionales y postranscripcionales fundamentales de la expresión génica que controlan procesos biológicos importantes. En los últimos años, muchos estudios de alto rendimiento revelaron que las interacciones reguladoras complejas están mediadas por la interacción compleja entre miRNA y TF que regulan un gen diana (TG) en conjunto. También se sabe que los miRNA y los TF se regulan entre sí. Este complejo mecanismo corregulador puede representarse en forma de red correguladora miRNA:TF:TG. Esta red se puede utilizar para identificar varios subgrafos recurrentes pequeños conocidos como circuitos reguladores. Uno de estos circuitos reguladores también llamado bucles de avance (FFL) es un patrón de tres nodos que se compone de un miRNA y un TF, uno de los cuales regula al otro y ambos regulan conjuntamente un TG. Estos circuitos reguladores han demostrado ser útiles para dilucidar la compleja interacción de la regulación genética durante muchas condiciones fisiológicas y patológicas.

Human.miRFFL.DB es un recurso integral e integrado para redes correguladoras dirigidas por miRNA:TF:TG humanas y sus circuitos reguladores asociados. Se han utilizado scripts internos basados ​​en el principio de la teoría de grafos para identificar ambos tipos de motivos FFL, es decir, miRNA-FFL y TF-FFL. La base de datos proporciona además una visualización interactiva de las redes correguladoras y los FFL asociados. Human.miRFFL.DB se puede utilizar como una referencia completa y rápida para redes correguladoras de miRNA:TF:TG humanas y los FFL asociados para descifrar interacciones celulares complejas de estas biomoléculas reguladoras. Human.miRFFL.DB está disponible en línea en http:// mirffldb.in/human/