Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

Predicción funcional in silico y análisis de expresión en respuesta al estrés por sequía de la familia de genes de la proteína de macrófagos asociada a la resistencia natural ( NRAMP ) en el maíz

Dr. Golam Rabby, Dr. Mostafa Kamal, Dr. Sakib Hasan, Dr. Mossabbir Hossain, Dr. Numan Islam*

Las proteínas de macrófagos asociadas a la resistencia natural ( NRAMP ) funcionan en las plantas como transportadores de transición de metales para mantener la homeostasis de los metales. La identificación y predicción funcional de las NRAMP del maíz en todo el genoma aún no se han estudiado. El análisis de todo el genoma identificó siete proteínas (ZmNRAMP1, ZmNRAMP2, ZmNRAMP3, ZmNRAMP4, ZmNRAMP5, ZmNRAMP6, ZmNRAMP7 ) en el maíz con un peso molecular de 29,08 ( ZmNRAMP2 ) a 63,20 ( ZmNRAMP5 ) kDa. A excepción de ZmNRAMP1 y ZmNRAMP3, todas las ZmNRAMP son proteínas esenciales (puntos isoeléctricos mayores de 7). El número de intrones en las ZmNRAMP varía de 1 a 13, lo que es casi consistente entre los grupos filogenéticos (A y B) entre el maíz y Arabidopsis. Todas las proteínas mostraron múltiples motivos (que van de 6 a 10) que fueron consistentes entre los grupos entre el maíz y Arabidopsis. También realizamos dominios transmembrana, elementos cis-reguladores, mapeo cromosómico y anotación de ontología génica que revelaron atributos funcionales significativos. La expresión significativamente aumentada de ZmNRAMPs ( ZmNRAMP1, ZmNRAMP2 y ZmNRAMP4 ) en tejidos vegetativos y reproductivos puede desempeñar un papel esencial en la absorción, transporte y homeostasis de metales pesados. Durante el estrés por sequía, la regulación positiva significativa de cc ( ZmNRAMP1, ZmNRAMP2, ZmNRAMP4 y ZmNRAMP7 ) puede desempeñar un papel en la tolerancia a la sequía o la aclimatación en el maíz.