Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

Análisis basado en Imex de secuencias repetidas en genomas de flavivirus , incluido el virus del dengue

Chaudhary Mashhhood Alam, Asif Iqbal, Babita Thadari y Safdar Ali

Las repeticiones de secuencia simple (SSR), también conocidas como microsatélites, son motivos de repetición de 1 a 6 nucleótidos, presentes en un número variable de iteraciones, en regiones codificantes y no codificantes de procariotas, eucariotas y virus. El presente estudio se centra en las repeticiones de secuencia simple (SSR) en 27 genomas de Flavivirus, que incluye el virus del dengue. La genómica viral comparativa a la luz de las SSR nos ayudaría a comprender la diversidad y la adaptabilidad a nuevos huéspedes. Se descubrieron un total de 1164 SSR y 53 cSSR de los 27 genomas estudiados. El mononucleótido A fue el motivo de repetición más prevalente con una distribución promedio de alrededor de 6. A este le siguió G (distribución promedio de 2). Entre los dinucleótidos, el motivo de repetición AG/GA fue el más prevalente con una distribución promedio de 14 en los genomas estudiados. Los genomas de los flavivirus carecían de dos características esenciales responsables de la evolución del genoma, el motivo de repetición de dinucleótidos AT/TA (menos representado, con una distribución media de ~0,5) y el cSSR en regiones no codificantes, lo que sugiere un genoma estable o una evolución por mecanismos hasta ahora inexplicados. El descubrimiento de secuencias conservadas en los aislados del virus del dengue sugiere una base para el desarrollo de biomarcadores para el diagnóstico viral.