Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

Información sobre la familia de genes PPR en Cajanus cajan y otras especies de leguminosas

Parampreet Kaur, Mohit Verma, Pavan K Chaduvula, Swati Saxena, Nikita Baliyan, Alim Junaid, Ajay K Mahato, Nagendra Kumar Singh y Kishor Gaikwad*

Las proteínas PPR comprenden varios cientos de miembros entre las plantas terrestres y gobiernan una fascinante variedad de funciones en los genomas de los organelarios que van desde la participación en la estabilización de las transcripciones de los organelarios, la edición de ARN hasta la restauración de la fertilidad de las líneas CMS. A pesar de la disponibilidad de secuencias genómicas de varias especies de leguminosas, no se ha llevado a cabo una catalogación exhaustiva de los miembros de la familia de genes PPR. En el estudio actual, identificamos 523, 830, 534, 816, 441 y 677 proteínas PPR en los genomas de Cajanus, Glycine, Phaseolus, Medicago, Vigna y Cicer, respectivamente, y se realizó su categorización in silico completa para clasificarlas en varias subclases y predecir su localización. Se predijeron las coordenadas cromosómicas de 271 genes PPR de Cajanus y se identificaron sus homólogos en otras 5 leguminosas, lo que reveló una extensa conservación del genoma. Los genes PPR de las 6 especies de leguminosas se analizaron más a fondo para identificar PPR similares a restauradores de la fertilidad (RFL) sobre la base de la agrupación de proteínas y luego se realizaron búsquedas de homología con genes Rf-PPR ya conocidos. Se identificaron setenta genes PPR RFL (subclase P) y se examinaron mediante análisis filogenético que reveló una similitud extendida y características comunes compartidas por estos RFL en todas las especies. Algunos de estos PPR RFL estaban presentes como pequeños grupos en los genomas de Glycine, Phaseolus, Vigna y Cicer. Este estudio ha generado una base de conocimiento sobre la familia de genes PPR en leguminosas y abre varias vías para futuras investigaciones sobre sus funciones moleculares, relaciones evolutivas y su potencial para identificar marcadores que permitan la clonación de genes Rf.