Fabíola Marques de Carvalho, Leandro Nascimento Lemos, Luciane Prioli Ciapina, Rennan Garcias Moreira, Alexandra Gerber, Ana Paula C. Guimarães, Tatiani Fereguetti, Virgínia Antunes de Andrade Zambelli, Renata Avila, Tailah Bernardo de Almeida, Jheimson da Silva Lima, Shana Priscila C. Barroso, Mauro Martins Teixeira, Renán Pedra Souza, Cynthia Chester Cardoso, Renato Santana Aguiar, Ana Tereza R. de Vasconcelos*
Objetivos: Las infecciones bacterianas y fúngicas secundarias se asocian con infecciones virales respiratorias y ventilación mecánica invasiva. La influencia del microbioma en la gravedad de la COVID-19 en pacientes ingresados en unidades de cuidados intensivos (UCI) sigue siendo poco conocida. Este trabajo describió la microbiota pulmonar de pacientes brasileños con COVID-19 y exploró cómo los patógenos microbianos pueden contribuir al desenlace clínico de la enfermedad por coronavirus 2019.
Métodos: Se extrajo el ADN total de los fluidos de lavado broncoalveolar de 21 pacientes brasileños con COVID-19. Todos los pacientes dieron positivo en la prueba de RT-PCR y fueron ingresados en unidades de cuidados intensivos de dos centros brasileños. Para los análisis metagenómicos, las lecturas secuenciadas se sometieron a herramientas bioinformáticas para realizar inferencias taxonómicas y funcionales.
Resultados: Identificamos patógenos respiratorios, nosocomiales y oportunistas como bacterias prevalentes en el pulmón, lo que sugiere un proceso de disbiosis (desequilibrio microbiano) en pacientes con COVID-19 en UCI. Los análisis funcionales microbianos mostraron vías metabólicas asociadas con el repertorio de virulencia, como la producción de biopelículas, toxinas secretadas, polisacáridos capsulares y adquisición de hierro. Los patógenos microbianos y sus mecanismos de virulencia se asociaron con las respuestas inmunológicas del huésped, y se presentó un modelo celular que sugiere cómo las especies bacterianas podrían participar en el empeoramiento de COVID-19.
Conclusión: Exploramos cómo las especies microbianas presentes en el pulmón podrían potencialmente modular y agravar los procesos inmunológicos de los pacientes ingresados en unidades de cuidados intensivos, contribuyendo a la gravedad del COVID-19.