Revista de Investigación y Desarrollo Acuícola

Abstracto

Introducción para establecer el análisis comparativo de las secuencias del gen ARNr 16S con amoA y nxrA para las bacterias nitrificantes aisladas del humedal de Calcuta Oriental: un sitio Ramsar internacional

Saha M, Sarkar A y Bandhohadhyay B

El ciclo del nitrógeno es el más complejo y muy importante para la vida en la Tierra. Las bacterias nitrificantes que llevan a cabo el proceso del ciclo del nitrógeno desempeñan un papel vital en el control de la calidad del agua, por lo que la creación de una base de datos de huellas genómicas para la vigilancia y el seguimiento de la variabilidad genética de las bacterias nitrificantes es muy importante y también para establecer un protocolo de bioseguridad para las Bheries ubicadas en diferentes áreas de Bengala Occidental. Las relaciones evolutivas actuales y la diversidad natural de las bacterias oxidantes de amoníaco (AOB) y las bacterias oxidantes de nitrito (NOB) se basan principalmente en análisis de secuencias comparativas de sus genes que codifican el ARNr 16S y el polipéptido del sitio activo de la monooxigenasa de amoníaco (AmoA) y la oxidorreductasa de nitrito (NxrA) en el humedal de Calcuta Oriental. Este estudio amplió significativamente las bases de datos de ARNr 16S y amoA para AOB, bases de datos de nxrA para NOB. Por lo tanto, cualquiera de los marcadores funcionales (amoA o nxrA) se puede utilizar para rastrear oxidantes de amoníaco o el marcador estructural (16S rDNA) se puede utilizar para rastrear especies específicas en estudios ambientales. Estas técnicas incluyeron el uso de genes 16S rDNA para caracterizar poblaciones naturales de AOB y NOB y analizar sus características taxonómicas y filogenéticas. La percepción actual de la filogenia de AOB y NOB establecida por el análisis comparativo de la secuencia de 16S rRNA podría confirmarse de forma independiente explotando los genes amoA y nxrA y demostrarse como un marcador filogenético alternativo. El objetivo de nuestro trabajo es investigar el potencial del gen de la subunidad A de la amoníaco monooxigenasa (amoA) y el gen de la nitrito oxidorreductasa (nxrA) como marcadores funcionales para AOB y NOB junto con el análisis de la secuencia de 16S rDNA en EKW. Para la vigilancia ecológica, genes como amoA y nxrA específicos de las bacterias nitrificantes objeto de la presente investigación podrían ser una herramienta más confiable.