Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

Modelado molecular y simulación de la estomatina humana y predicciones para su asociación con la membrana

Yosuke Kondo, Hideshi Yokoyama, Ikuo Matsui y Satoru Miyazaki

La estomatina es una proteína de membrana presente en los glóbulos rojos humanos. La estructura cristalina, en la que la estomatina monomérica de la arquea hipertermófila Pyrococcus horikoshii consta del dominio α/β y del segmento α-helicoidal C-terminal, forma un homotrímero, y la estomatina se organiza en complejos homo-oligoméricos de orden superior, que comprenden de 9 a 12 meros. Para comprender mejor las funciones moleculares de la estomatina, debe validarse la hipótesis de cómo la estomatina humana se oligomeriza y se asocia con las membranas celulares. Aquí, informamos qué conformaciones se pueden generar a partir de la estructura de la estomatina estimando la flexibilidad de los segmentos α-helicoidales de la estomatina humana. Y también simulamos cómo la estructura oligomérica de la estomatina humana interactúa con las membranas celulares. Los resultados mostraron que los segmentos α-helicoidales pueden realizar movimientos flexibles; El segmento α-helicoidal y el dominio α/β del monómero pueden formar una estructura plana, y los segmentos α-helicoidales del trímero pueden acercarse a las membranas lipídicas. Basándonos en la estructura plana de la estomatina humana, propusimos un modelo oligomérico hipotético para interactuar con la superficie de las membranas celulares. El modelo oligomérico explica bien las funciones de la estomatina como proteína de andamiaje para sostener la membrana celular.