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Abstracto
Diseño de motivos para nitrilasas
Nikhil Sharma y Tek Chand Bhalla
La nitrilasa es una de las enzimas metabolizadoras de nitrilos que cataliza la conversión de nitrilos en los ácidos correspondientes, lo que ha ganado importancia en la química verde. La nitrilasa es específica del sustrato pero actúa sobre una amplia gama de nitrilos (alifáticos/aromáticos) lo que ha llamado la atención debido a su utilidad en la hidrólisis suave. La mayoría de las nitrilasas informadas hasta ahora se han extraído físicamente caracterizadas de las fuentes microbianas/vegetales. Para identificar secuencias para nitrilasas se diseñaron dos grupos de motivos, es decir, motivos de nitrilasa alifática (MDMAl) y motivos de nitrilasa aromática (MDMAr), cada uno con cuatro motivos que pertenecen específicamente a la nitrilasa con tríada catalítica conservada (Glu-48, Lys-131, Cys-165) que se puede utilizar como marcador para la nitrilasa. Las regiones conservadas se identificaron realizando una alineación de secuencias múltiples (MSA) utilizando EM múltiple para la obtención de motivos (MEME). Los motivos diseñados manualmente (MDM) fueron validados por ScanProsite y su presencia también fue confirmada por PRATT, Gblocks y MEME. La búsqueda de ScanProsite contra MDMAr mostró algunas nuevas fuentes de nitrilasa aromática de plantas, animales y microbios, mientras que MDMAl solo mostró nitrilasa de microbios. Además de identificar motivos únicos para confirmar su especificidad de sustrato para nitrilos, se validaron secuencias seleccionadas aleatoriamente mediante el estudio de algunos parámetros fisicoquímicos importantes y aminoácidos de posición específica.