Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

Algoritmo NW y modelado ANFIS sobre la similitud de alineamiento de la proteína de la cápside triple del virus del herpes simple humano

Vipan Kumar Sohpal, Apurba Dey y Amarpal Singh

La similitud óptima de secuencias de las proteínas de la cápside triplex del virus del herpes simple humano (HHV) es un problema bioinformático complejo, que se controla mediante algoritmos de alineamiento, matriz de sustitución, penalización de brecha y extensión de brecha. Se requiere una elección precisa de la matriz de mutación para optimizar la similitud de alineamiento y el enfoque computacional apropiado requerido para la búsqueda de similitud. El presente artículo utiliza el enfoque del Sistema de Inferencia Neuro-Difusa Adaptativa (ANFIS) para modelar y simular la similitud de alineamiento para las matrices de sustitución PAM y Blosum. La matriz de mutación y las secuencias de HHV-I y HHV-II se tomaron como parámetros de entrada del modelo. El modelo es la combinación de inferencia difusa, red neuronal artificial y un conjunto de reglas difusas que se han desarrollado directamente a partir del análisis computacional utilizando el algoritmo NW. El enfoque de modelado propuesto se verifica comparando los resultados esperados con los resultados prácticos observados obtenidos por el análisis computacional en condiciones específicas. La aplicación de la prueba ANFIS muestra que la matriz de sustitución predicha por un modelo propuesto está completamente de acuerdo con los valores experimentales a un nivel de significancia del 0,5%.