Revista de bioequivalencia y biodisponibilidad

Abstracto

Revisión panorámica sobre el progreso y desarrollo del acoplamiento molecular

Kiran Rameshbhai Dudhat

En la biología molecular estructural y la creación de fármacos asistida por ordenador, el acoplamiento molecular es una herramienta crucial. El objetivo del acoplamiento ligando-proteína es predecir los modos de unión predominantes de un ligando con una proteína que tiene una estructura tridimensional conocida. Los métodos de acoplamiento eficaces utilizan un sistema de puntuación que clasifica correctamente los acoplamientos candidatos y explora de forma eficiente los espacios de alta dimensión. La optimización de los líderes se beneficia enormemente del uso del acoplamiento para realizar una selección virtual en enormes bibliotecas de compuestos, evaluar los resultados y ofrecer ideas estructurales sobre cómo los ligandos inhiben el objetivo. Puede resultar difícil interpretar los hallazgos de los métodos de búsqueda estocástica, y configurar las estructuras de entrada para el acoplamiento es tan crucial como el acoplamiento en sí.

En los últimos años, el diseño de fármacos asistido por ordenador se ha basado en gran medida en la técnica de acoplamiento molecular para estimar la afinidad de unión y evaluar el modo interactivo, ya que puede aumentar significativamente la eficiencia y reducir los costos de investigación. En este trabajo se presentan los principales conceptos, técnicas y aplicaciones de acoplamiento molecular utilizadas con frecuencia. Además, se contrastan las aplicaciones de acoplamiento más populares y se sugieren campos de estudio relevantes. Finalmente, se proporciona un breve resumen de los desarrollos recientes en acoplamiento molecular, incluida la técnica integrada y el aprendizaje profundo. Las aplicaciones de acoplamiento actuales no son lo suficientemente precisas para pronosticar la afinidad de unión debido a la estructura molecular insuficiente y las deficiencias del mecanismo de puntuación.