Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

PGR: Un nuevo repositorio gráfico de estructuras tridimensionales de proteínas

Wajdi Dhifli y Abdoulaye Baniré Diallo*

La teoría de grafos y la minería de grafos constituyen campos ricos en técnicas computacionales para estudiar las estructuras, topologías y propiedades de los grafos. Estas técnicas constituyen un buen activo en bioinformática si existen métodos eficientes para transformar datos biológicos en grafos. En este artículo, presentamos Protein Graph Repository (PGR), una nueva base de datos de estructuras 3D de proteínas transformadas en grafos que permite el uso del gran repertorio de técnicas de teoría de grafos en la minería de proteínas. Este repositorio contiene representaciones gráficas de todas las estructuras 3D de proteínas conocidas actualmente descritas en el Protein Data Bank (PDB). PGR también proporciona un convertidor en línea eficiente de estructuras 3D de proteínas en grafos, descripción biológica y basada en grafos, atributos y estadísticas de grafos de proteínas precalculados, visualización de cada grafo de proteínas, así como una herramienta de búsqueda de similitud de proteínas basada en grafos. Este repositorio presenta un enriquecimiento de las bases de datos en línea existentes que ayudarán a cerrar la brecha entre la minería de grafos y el análisis de la estructura de proteínas. Los datos y las características de PGR son únicos y no están incluidos en ninguna otra base de datos de proteínas. El repositorio está disponible en http://wjdi.bioinfo. uqam.ca/