Biología y Medicina

Abstracto

Reconstrucción de la filogenia de las enzimas conjugadoras de ubiquitina (E2)

Muhammad Khan, Kaiser Jamil

En los últimos años, la reconstrucción de la filogenia ha atraído mucha atención de biólogos y científicos informáticos a partir de los datos de ordenamiento genético. La ubiquitina está muy extendida en eucariotas y desempeña un papel fundamental en la degradación selectiva de proteínas dependiente de ATP en las células. También se expresa en gran medida en varios tipos de cáncer. Por lo tanto, para comprender su diversificación en eucariotas, realizamos este estudio para determinar su filogenia utilizando varios métodos computacionales. Todas las secuencias de la enzima conjugadora de ubiquitina se extrajeron del banco de datos de proteínas (PDB) y, utilizando el método MaximumLikelihood implementado en PHYML, se construyó el árbol filogenético sin raíz. Este árbol tenía cuatro grupos principales y un minigrupo. Calculamos la divergencia de los grupos del gen a partir del cambio específico del sitio de importancia funcional en la evolución de la secuencia de proteínas. Luego, la divergencia se mapeó en la estructura 3-D de la proteína ube2c obtenida del banco de datos PDB: (IL7K) utilizando RASMOL. A partir de este estudio, concluimos que hemos podido señalar los sitios exactos donde se está produciendo la evolución activa de las E2 y es evidente que estos sitios están sujetos a una fuerte selección purificadora. Anticipamos que esta información podría tener algunas implicaciones útiles en la neoplasia, ya que hay informes de que las mutaciones en esta proteína probablemente promuevan la progresión tumoral.