Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

Funcionalidad predictiva de bacterias en productos lácteos fermentados naturalmente de la India mediante PICRUSt2 y Piphillin Pipelines

H. Nakibapher Jones Shangpliang, Jyoti Prakash Tamang*

Los productos de leche fermentada naturalmente (NFM) son delicias alimentarias populares en los estados indios de Sikkim y Arunachal Pradesh. Las comunidades bacterianas en estos productos NFM de la India se analizaron previamente mediante un método de secuenciación de alto rendimiento. Sin embargo, no se ha estudiado la funcionalidad genética predictiva de los productos NFM de la India. En este estudio, se accedió a las secuencias sin procesar de los productos NFM de Sikkim y Arunachal Pradesh desde el servidor de base de datos MG-RAST/NCBI. Se aplicaron las herramientas PICRUSt2 y Piphillin para estudiar la predicción de genes funcionales microbianos. Los KO normalizados por MUSiCC y las vías KEGG mapeadas de PICRUSt2 y Piphillin dieron como resultado un mayor porcentaje de los primeros en comparación con los últimos. Aunque se compararon las características funcionales de ambos procesos, hubo diferencias significativas entre las predicciones. Por lo tanto, una presentación consolidada de ambos algoritmos presentó una perspectiva general de los perfiles funcionales predictivos asociados con la microbiota de los productos NFM de la India.