Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

Predicción de la estructura secundaria de proteínas mediante muestreo secuencial determinista

Kuo-ching Liang y Xiaodong Wang

La predicción de la estructura secundaria de una proteína a partir de su secuencia de aminoácidos es un paso importante hacia la predicción de su estructura tridimensional. Si bien muchos de los algoritmos existentes utilizan la similitud y homología con proteínas con estructuras secundarias conocidas en el Protein Data Bank, otras proteínas con medidas de similitud bajas requieren un enfoque de secuencia única para el descubrimiento de su estructura secundaria. En este artículo, proponemos un algoritmo basado en el método de muestreo secuencial determinista y el modelo oculto de Markov para la predicción de la estructura secundaria de proteínas de secuencia única. Las predicciones se realizan en función de observaciones en ventanas y mediante el promedio ponderado de las conformaciones posibles dentro de la ventana de observación. Se demuestra que el algoritmo propuesto logra un mejor rendimiento en conjuntos de datos reales en comparación con el algoritmo de secuencia única existente.