Revista de tecnología microbiana y bioquímica

Abstracto

Tecnología reciente de microbiología clínica: secuenciación del genoma completo (WGS) y espectrometría de masas con desorción láser y tiempo de vuelo asistida por matriz (MALDI-TOF MS)

Jeongsook Y

El tema más candente en el campo de la microbiología clínica en los últimos años es la aplicación de la secuenciación del genoma completo (WGS) al diagnóstico y la terapéutica clínica a través de la metodología de secuenciación de nueva generación. La aplicación de WGS incluye la identificación de especies, el estudio epidemiológico y el estudio de la resistencia a los antimicrobianos, etc. El análisis basado en polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) aumenta la precisión y la sensibilidad de la identificación de especies mediante un marcado poder discriminatorio, y la capacidad de seguimiento del proceso de transmisión permite el control de infecciones, incluidos los brotes. Podemos aclarar el mecanismo de resistencia a los antimicrobianos de las betalactamasas o carbapenemasas de espectro extendido y dilucidar el mecanismo de transferencia horizontal de islas genómicas móviles. En caso de establecer un nuevo método de PCR, el objetivo y el cebador podrían elegirse utilizando bases de datos de WGS. El método MALDI-TOF se utiliza en casi todos los laboratorios, identificando especies bacterianas, fúngicas y micobacterianas. La identificación directa en el frasco de hemocultivo es posible en pacientes con bacteriemia, y se pueden detectar betalactamasas o carbapenemasas. Además, se puede aplicar en E. coli con toxina Shiga, serotipos de Salmonella o ribotipos de C. difficile.