Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

Gráfico de sufijos: un enfoque eficiente para la minería de motivos de red

Rahul Nikam y Usha Chauhan

Un motivo de red es un patrón de interconexiones que se produce en redes complejas en cantidades significativamente mayores que las de redes aleatorias similares. La premisa básica para encontrar motivos de red reside en la capacidad de calcular la frecuencia de los subgrafos. Para descubrir un motivo de red, hay que calcular un censo de subgrafos en la red original que calcule la frecuencia de todos los subgrafos de cierto tipo. Luego es necesario calcular la frecuencia de un conjunto de subgrafos en la red aleatoria similar. El cuello de botella de todo el proceso de descubrimiento de motivos es, por tanto, calcular las frecuencias de los subgrafos y este es el problema computacional central. El trabajo propuesto consiste en presentar el Suffix-Graph, una estructura de datos que almacena los grafos de manera eficiente y diseñar un algoritmo para recuperar los subgrafos de manera eficiente que detecte motivos de red y los aplique a interacciones transcripcionales en Escherichia coli.