Revista de minería de datos en genómica y proteómica

Abstracto

Estudiar los efectos de la inyección de Shenqifuzheng (SFI) sobre los microARN en células dendríticas humanas

Yuwh H, Sze WH, Yip DMY, Cho SP, Boost WCS, Zhang MV, Fan Z, Ng K, Ng MCH, Yeung JWC, Hung A, H WH, Chong GSL y Lee RLP

Método: Este estudio utilizó un enfoque de 2 pasos. Primero, utilizamos una línea celular de DC robusta para identificar aquellos miRNA que podrían estar involucrados en la activación de DC; luego, se realizó una confirmación utilizando DC derivadas de monocitos que se acercaban más a los contextos fisiológicos de la vida real. La célula THP-1, una línea celular de leucemia monocítica humana, ha demostrado previamente ser útil para el estudio in vitro de DC. En este estudio, identificamos una serie de posibles candidatos de miRNA en las DC activadas por SFI utilizando MicroRNA Array de 381 miRNA humanos conocidos (Sanger miR Base, versión 14). Luego, se seleccionaron miR-22, miR-107 y miR-200a de los más de 30 candidatos potenciales de miRNA con un cambio de expresión relativo >2 identificados de acuerdo con las evidencias computacionales recuperadas en la base de datos de anotación miR Base. Estos tres miRNAs fueron examinados más a fondo para cualquier cambio en la expresión en un estudio confirmatorio usando las DC derivadas de monocitos (MDDC) de células mononucleares de sangre periférica de sujetos normales sanos (n = 7) a través de la cuantificación por RT-PCR en tiempo real. Estos resultados se correlacionaron con los niveles de expresión de HLA-DR y CD80 en las MDDC usando citometría de flujo. Resultados: Los resultados confirmatorios no mostraron ninguna regulación positiva consistente en las expresiones de miR22, miR107 y miR-200a debido a SFI en las siete muestras de MDDC. Además, los resultados de la prueba en MDDC tras el tratamiento con SFI en dos diluciones diferentes de 1/20 y 1/40 respectivamente durante 24 horas de incubación también demostraron cambios de expresión insignificantes de HLA-DR y CD80 (p> 0,05). Además, la correlación de la expresión de tres mi-RNA y los niveles de expresión de superficie de HLA-DR y CD80 no fueron estadísticamente significativos para MDDCs con tratamiento de SFI diluido en 1/20 durante 1 hora, SFI diluido en 1/20 durante 4 horas y SFI diluido en 1/40 durante 1 hora (p>0,05). Conclusiones: Se encontró un aumento de la expresión de miRNA de miR-22, miR-107 y miR-200a solo en la línea celular de THP-1, pero no se demostró de manera consistente en los MDDCs de siete muestras de sangre periférica humana. Por lo tanto, sigue siendo desconocido si estos tres mi-RNA fueron realmente reguladores epigenéticos importantes durante el proceso de SFI en DC; y requerirá más investigaciones futuras utilizando múltiples fuentes de DC auténticas.