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Abstracto
Unidades: Universal True SDSA (Alineación de secuencia dependiente de la estructura)
Scott Foy y Gerald Wyckoff
Motivación: El programa Universal True SDSA (Structure-dependent Sequence Alignment), o UniTS, calcula la alineación de secuencia de aminoácidos más probable derivada de múltiples estructuras tridimensionales de proteínas superpuestas. Además, utilizando este SDSA recién generado, UniTS calcula puntajes de evaluación de calidad mejorados (por ejemplo, RMSD, etc.) para las estructuras de proteínas superpuestas. Aunque se han desarrollado otros algoritmos para derivar una alineación de secuencia de aminoácidos a partir de estructuras tridimensionales de proteínas alineadas utilizando proximidad atómica, ninguno de ellos maneja apropiadamente múltiples coincidencias de residuos, previene el orden incorrecto de residuos y alinea secuencialmente regiones estructuralmente no conservadas. UniTS compensa las debilidades inherentes a los programas SDSA basados en perfiles de residuos y programas de alineación estructural. A diferencia de los programas SDSA basados en perfiles de residuos utilizados como precursores del modelado de homología y enhebrado, UniTS es verdaderamente dependiente de la estructura. Resultados: Los resultados presentados en este documento demuestran que UniTS calcula la alineación de secuencia universal para la proteína completa en comparación con la alineación de secuencia parcial derivada de los programas de alineación estructural. Además, estos resultados demuestran la capacidad de UniTS para refinar la entrada de alineación de secuencia en un programa de superposición y utilizar esta alineación refinada para calcular puntajes de evaluación de calidad estructural mejorados. Finalmente, la capacidad de generación de puntajes de calidad