Revista de farmacogenómica y farmacoproteómica

Abstracto

Enfoque bioinformático para perfilar el microbioma oral e intestinal en la colitis

Sammed N Mandape

Los avances en bioinformática y tecnologías de secuenciación de alto rendimiento han aumentado significativamente nuestra capacidad para explorar el microbioma humano. El ARN ribosómico 16S (ARNr) se secuencia para comprender la composición taxonómica del microbioma humano. En este estudio, se realizó un análisis bioinformático de datos secuenciados de ARNr 16S de muestras de colon enfermas (colitis de Crohn (CC) o colitis ulcerosa (CU)) y de colon sano adyacente mediante el uso de Quantitative Insights Into Microbial Ecology (QIIME). Además, considerando la información específica de la raza para estas muestras, se realizó una comparación de las diferencias del microbioma del colon entre afroamericanos y caucásicos. Como resultado, se caracterizaron doscientas ocho especies bacterianas diferentes. Sin embargo, solo cincuenta y tres bacterias se describieron a nivel de especie. La fracción de bacterias no perjudiciales en muestras de CC y CU enfermas fue diferente de las muestras de colon sano adyacente. Además, el microbioma de las muestras enfermas estaba dominado por bacterias orales pertenecientes a los filos Firmicutes (Streptococcus, Staphylococcus, Peptostreptococcus) y Fusobacteria (Fusobacterium). Los resultados también mostraron diferencias en el microbioma entre afroamericanos y caucásicos, lo que indica un posible enfoque de investigación sobre las disparidades en materia de salud.